ÿþNaast het uitbreiden van de geografische dekking van Zuid-Amerikaanse puma vikky platform regio's om gevolgtrekkingen op patronen van matrilineaire onderverdeling te verfijnen, hebben we nieuwe analyses uitgevoerd op de demografische geschiedenis van poema, die consistent bewijs hebben onthuld van een recente populatie-uitbreiding in Zuid-Amerika, voorafgaand aan de re-kolonisatie van Noord Amerika: we hebben bloed- en weefselmonsters verkregen van 77 poema's, waaronder wilde individuen die zijn gevangen tijdens veldecologieprojecten, zijn gevangen door boeren of zijn gedood, evenals dieren in gevangenschap met een bekende geografische oorsprong (tabel S1). Daarnaast hebben we ook gegevens verzameld van 109 extra personen wier DNA al beschikbaar was in de deelnemende laboratoria.

De verschillende kleuren geven de zeven groepen aan die zijn geïdentificeerd met de AMOVA (zie tekst en tabel 3 voor details): Noord-Midden-Amerika Noord-Amerika (NCA NA, in lichtroze), Zuid-Midden-Amerika (SCA, in donkerroze), Noord-Zuid-Amerika ( NSA, in donkergroen), Midden-Noordoost-Zuid-Amerika (CNESA, in middengroen), Oost-Zuid-Amerika (ESA, in lichtgroen), Midden-Zuid-Zuid-Amerika (CSSA, puma schoenen heren in lichtblauw) en Zuidwest-Zuid-Amerika ( SWSA, in het paars). De puma-gegevensset bevat 33 variabele sites (32 overgangen en één transversie), waarvan 25 fylogenetisch informatief waren (tabel 1).

Mediaanvoegende netwerken op basis van puma ND5-haplotypes. Het gebied van elke cirkel is evenredig met de haplotype frequentie. De relatieve frequentie van populaties puma rs 0 in elk haplotype wordt aangegeven door het aandeel van verschillende kleuren (gecodeerd zoals in figuur 1). A) Analyse van de volledige gegevensset (669 bp). De pijl geeft het punt aan waar de outgroup P. yagouaroundi is aangesloten. B) Analyse van een subset van de nucleotideplaatsen die overlappen met de Miracinonyx trumani-sequentie (286 bp). Pijlen geven de punten aan waar de outgroup-taxa zich bij het netwerk aansluiten: P. yagouaroundi (in grijs; 32 mutatiestappen vanaf het verbindingspunt) en M. trumani (in zwart; 19 stappen vanaf het verbindingspunt).

Toen de P. yagouaroundi-sequenties als outgroups in het netwerk werden gebruikt (Figuur 2A), werden puma dames sneakers ze door 85 mutatiestappen verbonden met puma haplotype H01, ter ondersteuning van deze positie voor de puma mtDNA-root. Haplotype H01 is te vinden in Midden-Zuid-Amerika (Paraguay, evenals de Braziliaanse staten MS, SP en MG), die op minstens zes mutatiestappen verschillen van de belangrijkste Noord- en Midden-Amerikaanse haplotypes. Toen de M. trumani-sequentie in het netwerk was opgenomen (figuur 2B), werd de lengte van de sequentie-uitlijning teruggebracht tot 286 bp om overeen te komen met het beschikbare segment voor deze outgroup.

In de tweede ronde van AMOVA hebben we met de volledige voorbeeldset nog hogere st-waarden gevonden. De hoogste totale waarde werd verkregen met strategie 2d, waarbij een AMOVA op twee niveaus werd gebruikt (tabel 3). Midden-Amerika werd het best vertegenwoordigd als twee afzonderlijke groepen, noordelijk en zuidelijk, waarbij de eerste werd samengevoegd met Noord-Amerika. In het beste scenario met twee niveaus (zie tabel 3) hebben we ook opgemerkt dat de sc en ct respectievelijk 0,441904 (p = 0,000 ± 0,000) en 0,43693 (p = 0,01871? 0,00135) waren. Paarsgewijze schattingen van st werden uitgevoerd op de verschillende ruimtelijke schalen die in deze scenario's werden getest en hielpen bij het beoordelen van het onderscheidend vermogen van grootschalige puma platform suede en regionale populatie-eenheden (tabellen S4 en S5).

De Bayesiaanse analyses uitgevoerd met Beast hielpen verder om licht te werpen op de historische demografische poema's zoals onthuld door het mtDNA. In de eerste analyseronde, waarbij vijf personen met de meest uiteenlopende haplotypes en twee jaguarundis werden gebruikt, schatten we het vervangingspercentage van het geanalyseerde ND5-segment op 2,054% per miljoen jaar (MY). Door dit substitutiepercentage toe te passen in de tweede reeks analyses, hebben we afgeleid dat de gemiddelde t MRCA van puma's 0,237 MYA is (95% HPD: 0,105-0,391 MYA). Voor Zuid-Amerikaanse poema's werd de gemiddelde t MRCA geschat op 0,211 (0,091-0,335) MYA.